Oczyszczalnie te wykorzystują efekt fitoremediacji czyli rozkładu substancji organicznych na korzeniach roślin naczyniowych. Oczyszczalnie takie doskonale sprawdzają się w sezonie wegetacyjnym, ich sprawność znacznie spada (o około 40 do 70 %) w okresie zimowym. Specyfika domów letniskowych jest taka, że wykorzystywane są one głównie w okresie letnim i to w sposób często nieregularny. Oczyszczalnia korzeniowa (fitoremediacyjna) jest odporna właśnie na nierównomierność dopływu ścieków i najlepiej działa w temperaturach powyżej 10°C.
Oczyszczalnia składa się z osadnika wstępnego dwukomorowego, gdzie w pierwszej komorze osadzają się zanieczyszczenia nie poddające się procesowi rozkładu mikrobiologicznego (np. chusteczki wiskozowe, folia plastikowa, itp.). Do drugiej komory poprzez syfon przechodzi frakcja płynna. Z drugiej komory pompą do ścieków surowych, umieszczoną w koszu zapobiegającym uszkodzeniom elementów pompy, ściek podawany jest do filtra fitoremediacyjnego.
Filtr składa się z trzech komór. W pierwszej rośliny błotne rozkładają zawiesiny organiczne w drugiej wychwytywane są biopierwiastki takie jak azot i fosfor. W trzeciej komorze zbiera się oczyszczona woda, może ona być wykorzystywana np. do podlewania. Z filtra nadmiar wody grawitacyjnie odprowadzany jest do gruntu.
W przypadku różnicy wysokości działki możliwa jest rezygnacja z pompy do ścieków surowych na rzecz przepływu grawitacyjnego.
Osadnik na przeciętny domek letniskowy ma wymiary 2×1,5×1,5m, filtr fitoremediacyjny 1,5×3,0x1,0m. W przypadku zastosowania pompy do ścieku surowego filtr fitoremediacyjny może być zlokalizowany w dowolnym miejscu działki. Filtr fitoremediacyjny w czasie sezonu wegetacyjnego jest intensywnie zielonym akcentem na działce, wysokość roślinności może dochodzić do dwu metrów.
W przypadku przebudowy domu na całoroczny wystarczy pomiędzy osadnik a filtr fitoremediacyjny wstawić typowy bioreaktor oczyszczalni biologicznej (np. typu Feliksnavis), filtr fitoremediacyjny będzie wtedy ostatnim stopniem oczyszczania usuwającym biogeny do poziomu zapisanego w rozporządzeniach wchodzących w życie po 2015 roku.
